Ses livres publiés:

• Sa thèse: Mission et Unité. Les exigences de la communion, Le Cerf, Paris 1960.
  
  
• L'Esprit de l'Orthodoxie grecque et russe, Fayard, Paris 1961 - réédition, Parole et Silence, 2006.
  
  
• Le Christ et l'Église.Théologie du Mystère, Le Centurion, Paris 1963, ouvrage dans lequel il a fait comprendre combien la théologie s'appuie sur l'Ecriture et sur toute la Tradition, et dans lequel il fait une démonstration extrêmement profonde de l'importance des Pères, de saint Thomas, etc. - réédition, Parole et Silence, 2005.
  
  
• Mission et Pauvreté. L'heure de la mission mondiale, Le Centurion, Paris 1964, avec la collaboration de Mgr Mercier.
  
  
• L'Église en marche, dans la collection du Zodiaque, en deux volumes, avec Dom Guy Lafont, moine de La-PierreQui-Vire, Desclée de Brouwer, Paris 1964.
  
  
• Evangile et Révolution, avec Jean Bosc et Olivier Clément, Le Centurion, Paris 1968.
  
  
• Le Visage du Ressuscité. Grandeur prophétique, spirituelle et doctrinale, pastorale et missionnaire de Vatican II, Editions Ouvrières, Paris 1968 ; réédition, Saint-Augustin/Médiation 1996.
  
  
• Le Mystère du Père. Foi des Apôtres, gnoses actuelles, Fayard, Paris 1973.
  
  
• Les Témoins sont parmi nous. L'expérience de Dieu dans l'Esprit Saint, Fayard, Paris 1976. réédition, Parole et Silence, 2004.
  
  
• La Condamnation de Lamennais, dossier présenté par M.-J. Le Guillou et L. Le Guillou, Beauchesne, Paris 1982
  
  
• Celui qui vient d'ailleurs, l'Innocent, réédition, Parole et Silence, 1998.

Ouvrages posthumes

• Du scandale du mal à la rencontre de Dieu, Saint-Paul, 1991.
• Qui ose encore parler du bonheur ?, Mame, 1991.
• Chrétien dans le monde !, Mame, 1992
• Le Témoignage de Dieu, Parole et Silence, 1996.
• Entrons dans la prière du Seigneur, Parole et Silence, 1997.
• L'Église, lumière dans notre nuit, Parole et Silence, 1997.
• La puissance de l'amour de Dieu dans Sa Parole. Homélies années C, Parole et Silence, 1997.
• Chemin de croix et sept dernières paroles du Christ en croix, Parole et Silence, 1998.
• Le Rosaire, Parole et Silence, 1998.
• Entrons dans l'Eucharistie du Seigneur, Parole et Silence, 1999.
• L'Église, lumière dans notre nuit, Parole et Silence, 1997.
• L'Amour du Père révélé dans Sa Parole, Homélies année A, Parole et Silence, 1998.
• Seigneur, rien n'est plus vrai que Ta Parole, Homélies année B, Parole et Silence, 1999.
• La puissance de l'amour de Dieu dans Sa Parole. Homélies année C, Parole et Silence, 1997.
• Flashes sur la vie du Père M. -J Le Guillou, Parole et Silence, 2000.
• L'expérience de l'Esprit Saint en orient et en occident avec la préface d'Olivier Clément, Parole et Silence, 2000.
• Des êtres sont transfigurés par le Seigneur, pourquoi pas nous ?, Parole et Silence, 2001.
• Le Dieu de gloire parle au coeur de l'homme, Parole et Silence, 2003.
• Un chemin pour la prière, Parole et Silence, 2005.
  

• Le sens de notre vie,Parole et Silence, 2007
• Marie Parole et Silence, 2007
• Aimer, c'est apprendre à recevoir la miséricorde de Dieu ,Parole et Silence, 2008
• Vivre en amitié avec Dieu ,Parole et Silence, 2009
• Premiers pas dans la pensée de Jean Paul II ,Parole et Silence, 2010
  
  
  

Colloques sur la pensée du Père Le Guillou

• Un homme pris par le Mystère de Dieu, Mame, 1992.
• Un homme pris par le Mystère de l'Église, Saint-Augustin, 1995.
• Un homme émerveillé par le visage du Ressuscité, Saint-Augustin, 1996.
• Quand un homme témoigne de Dieu, Parole et Silence, 1998.
• Qu'ils soient un, l'oecuménisme dans le sillon du Père Marie-Joseph le Guillou, Parole et Silence, 2001.
• Un chercheur de Dieu,Parole et Silence, 2005.
  
  
• ........à suivre !